Le Capitaine Cath Peterson a enfin réussi à convaincre Weir de la laisser partir en mission. L'occasion se présente immédiatement quand un bateau est repéré au large de la cité.
La future mission est néanmoins perturbée par l'inquiétant état de santé d'un soldat revenu de mission. Il meurt rapidement sans que, ni Beckett, ni Peterson, ne puissent y faire quoi que soit. Beckett conclut qu'un Wraith ait pu entrer dans l'esprit du soldat. S'en serait-il échappé ou est-il mort avec lui ?
L'alerte de l'infirmerie est cependant levée et le Docteur Weir assigne ainsi la mission d'explorer le mystérieux bateau à Sheppard et Peterson.
Ce qui s'était présentée comme une mission de reconnaissance sans grand danger tourne mal quand les deux soldats sont attaqués par des boules de lumière en provenance du bateau. La communication avec la Cité est coupé et le major Sheppard est blessé...
ACTE II
Pendant ce temps, dans la cité, un Wraith prend possession de Weir et essaye d'activer la porte. Il est stoppé à temps et Weir est emmenée à l'infirmerie. Un calmant lui est administré mais quand elle se réveille, elle ne se souvient plus de rien.
Peterson et Sheppard sont téléportés du bateau vers une zone inconnue de la cité par un homme mystérieux.
Après examens, le Major est mis au repos pendant une semaine, chose qu'il n'apprécie guère.
Peterson demande à Weir à retourner sur le bateau mais elle refuse catégoriquement.
ACTE III
Une onde de choc provenant d'un des labos interrompt la conversation. Les deux femmes se dirignent ainsi vers les lieux sinistrés à savoir la zone de contrôle de la Cité. Les systèmes de contrôle se désactivèrent un à un puis la porte s'ouvre d'elle même. L'expérience du Docteur Hôhn révéle tour à tour un disfonctionnement des circuits de la porte, puis une défaillance de système de sécurité. On découvre enfin qu'un virus a infecté la porte.
Avec l'aide du jaffa rebelle, M'zel, la porte est refermée mais la connexion avec les portes actives est perdu.
Pendant ce temps-là, Peterson est à l'infirmerie après qu'elle se soit prise un petit coup de jus, elle en profite pour informer le Major Sheppard de ce qui se passe mais il se comporte plus que bizarrement avec elle. Catherine met cela sur le compte des calmants que Beckett lui a administré.
Travaillant toujours sur le problème des portes, Tess Hôhn et M'zel découvrent la présence d'un Wraith dans la Cité.
ACTE IV
Le Wraith repéré par Hôhn s'inflitre dans l'infirmerie où il prend d'abord possession de Sheppard puis passe dans le corps du Capitaine Peterson. Celle-ci se dirige vers le bateau exploré quelques heures auparavant.
Weir est mise au courant de la présence du Wraith et décide de faire un appel. Elle se rend rapidement compte que Catherine est absente et lance les recherches.
Pendant ce temps, sur le bateau, Cath contrôlée par le Wraith, réveille les autres de son espèce. Pris d'un instant de lucidité elle se précipite dans la salle des générateurs, s'y enferme et active l'autodestruction du bateau.
Weir, en ayant assez d'attendre et de chercher une solution, décide de se rendre elle même dans le bateau. Elle arrive à parler à Peterson qui la prévient que le Wraith s'est échappé et qu'il est à la recherche d'une nouvelle victime. Weir désespère de trouver une solution tandis que le compte à rebours de l'autodestruction avance rapidement.
L'homme qui a aidé le Capitaine et son Major la première fois intervient et réussit à libérer Peterson de sa prison. Ils ont juste le temps de s'enfuir par le téléporteur avant que le bateau n'explose.
Après un court débriefing où l'on apprend que l'homme en question s'appelle Kiran Tavaeg et qu'il vient de la planète Talmat et un passage obligatoire par l'infirmerie, Weir lance une nouvelle mission qui consiste à satisfaire la demande de Kiran, à savoir retourner sur sa planète pour revoir sa famille.
Le Lieutenant Aiden Ford l'accompagnera pour plus de sécurité...
Lire l'intégralité de l'histoire